Text

Pengujian primer gen pef salmonella typhimurium dan primer gen fim-C escherichia coli menggunakan metode real-time polymerase chain reaction

---

Salmonella typhimurium dan E. coli adalah bakteri patogen yang memiliki peran penting dalam penyebab keracunan makanan. Metode realtime PCR adalah metode pendeteksi yang dapat memantau secara langsung kemampuan primer dalam mengamplifikasi DNA bakteri target. Kecocokan antara primer dengan bakteri target sangat dibutuhkan sebagai awal untuk terjadinya proses amplifikasi. Penelitian ini betujuan untuk mendapatkan informasi tentang kemampuan primer gen fimC E. coli dan primer gen pef Salomonella thypimurium menggunakan metode realtime PCR. Pengujian kemampuan primer ditentukan berdasarkan akumulasi signal fluoresensi dari kurva amplifikasi yang menghubungkan jumlah Cycle threshold (Ct) terhadap intensitas signal produk amplikon yang dapat mencapai garis ambang batas. Primer gen fimC berhasil mengamplifikasi fragmen DNA E. coli pada Ct 12,25 sedangkan primer gen pef berhasil mengamplifikasi fragmen DNA S. thypimurium pada Ct 17,85. Hasil uji sensitivitas menyatakan bahwa konsentrasi template DNA 7,12 pg/μL merupakan konsentrasi terendah bakteri target E. coli yang masih dapat terdeteksi oleh primer gen fimC dan konsentrasi 0,284 pg/μL merupakan konsentrasi terendah bakteri target S. thypimurium yang masih dapat terdeteksi oleh primer gen pef. Hasil uji spesifisitas menunjukkan bahwa primer gen fimC spesifik mengenali template DNA bakteri target E. coli lebih cepat pada Ct 14, 05 dibandingkan DNA bakteri non target dengan nilai Ct 21,53 sedangkan primer gen pef menghasilkan spesifisitas yang rendah dengan nilai Ct yang dihasilkan bakteri non target 18,05 hampir sama dengan nilai Ct bakteri target pada Ct 17,65.

Salmonella typhimurium and E. coli are pathogenic bacteria that have an important role in the cause of food poisoning. The realtime PCR method is a detection method that can directly monitor the primary ability to amplify the DNA of the target bacteria. The fit between the primer and the target bacteria is needed as a start for the amplification process. This study aims to obtain information about the primary capabilities of the fimC E. coli gene and Salomonella thypimurium primer pef genes using realtime PCR method. The primary capability test is determined by the accumulation of fluorescence signal from the amplification curve connecting the number of cycle threshold (Ct) to the intensity of the amplicon product signal that can reach the threshold line. The fimC gene primer successfully amplifies the E. coli DNA fragment at Ct 12,25 while the pef gened primer succeeds in amplifying the S. typhimurium DNA fragment at Ct 17,85. The sensitivity test results stated that the concentration of the 7,12 pg/μL DNA template was the lowest concentration of E. coli target bacteria that could still be detected by the fimC gene primers and the concentration of 0,284 pg/μL was the lowest concentration of target S. thypimurium target bacteria that could still be detected by pef gene primer. Specificity test results showed that specific fimC gene primers identified template DNA of E. coli target bacteria more rapidly at Ct 14,05 than non-target bacterial DNA with Ct value of 21.53 while pef primer gene primer yielded low specificity with Ct value produced by non bacteria the target of 18,05 is almost equal to the Ct value of the target bacteria at Ct 17,65.

---

Ketersediaan

SS00016148

SK 16148

UPT Perpustakaan UNJ (CD.03.2018.001)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

-

No. Panggil

SK 16148

Penerbit

Jakarta : Prodi Kimia FMIPA UNJ., 2018

Deskripsi Fisik

vii, 69 lembar : il. ; 30 cm.

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

NONE

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

Gen FimC

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Yuki Putri Pertiwi

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus login sebelum memberikan komentar