Selain UPT Perpustakaan, Universitas Negeri Jakarta juga memiliki perpustakaan yang tersebar diberbagai fakultas yang dapat dimanfaatkan oleh mahasiswa dan dosen. Berikut ini daftar perpustakaan yang ada di lingkungan Universitas Negeri Jakarta:
- Perpustakaan Fakultas Ilmu Pendidikan
- Perpustakaan Fakultas Bahasa dan Seni
- Perpustakaan Fakultas Matematika dan IPA
- Perpustakaan Fakultas Ilmu Sosial
- Perpustakaan Fakultas Teknik
- Perpustakaan Fakultas Ilmu Olahraga
- Perpustakaan Fakultas Ekonomi
- Perpustakaan Fakultas Psikologi
- Perpustakaan Fakultas Pasca Sarjana
